云南是非水网地区，但水资源丰富，拥有长江、珠江、红河、澜沧江（境外称湄公河）、怒江（境外称萨尔温江）、独龙江（境外称伊洛瓦底江）六大水系，可开发航运里程近9000公里，具有国内北进长江、南下珠江，国际联通澜沧江、红河、伊洛瓦底江，沟通两洋（印度洋、太平洋）、连接三亚（东亚、东南亚、南亚）的独特优势。近年来，云南水运持续推进“两出省三出境通道”及“多库湖区航运”建设，目前“一出省（金沙江—长江）、一出境（澜沧江—湄公河）”和多库湖区水运发展格局初步形成，成为综合交通运输体系的重要组成部分，水运服务全省经济社会发展能力逐步提升。

截至2022年，全省航道通航里程5108公里，重点内河港口12个、码头85座、泊位297个、渡口461道。运输船舶1364艘（货船295艘，客船1069艘，其中国际运输船舶106艘）；乡镇自用船6666艘，批准渡船654艘，登记渔船7100余艘。各类水路运输企业229家，运力2.5万客位、13.5万载重吨。全省水路交通管理体制为“条块结合”模式，澜沧江—湄公河对外开放水域由中华人民共和国澜沧江海事局及其所属思茅、西双版纳海事局以“条”的模式垂直管理；省交通运输厅下设云南省航务管理局（加挂中华人民共和国澜沧江海事局、澜沧江航务管理局、云南省地方海事局），对全省水路交通进行业务指导。16个州（市）交通运输局有12个局内设航务科，均设有州（市）地方海事局，共98个县市设置县级海事机构。全省水路交通管理人员800多人，拥有公务船142艘，执法车23辆。